El cenobio fue fundado en el siglo X y vivió su mayor esplendor entre los siglos XI y XIII, para después perder gran parte de su influencia y su estatus abacial y quedar abandonado tras la desamortización de Mendizábal, en 1835. Durante la segunda mitad del siglo XX se han llevado a cabo diversos trabajos de restauración que han logrado conservar la arquitectura del templo y algunas de las dependencias monacales.
Historia: Según los documentos históricos existía en el lugar una ermita propiedad de un tal <<Egica>>, que fue comprada por los condes Gonzalo Belótez y su esposa la condesa Teresa Ériz, hija del conde de Lugo Ero Fernández en el año 939, según la escritura de fundación del monasterio, actualmente perdida pero que conoció el padre Yepes, historiador del monasterio de San Martín Pinario.
Los condes financiaron la construcción de un cenobio, segun las reglas de la época, del que fue primer abad un tal Félix y consagrado por el obispo de Lugo Ero y por el de Mondoñedo San Rosendo. La iglesia fue provista desde el comienzo con importantes reliquias que propiciarón la llegada de peregrinos, de San Lorenzo, titular del monasterio, de San Hipòlito, San Pelayo, San Vicente, San Juan Bautista, San Juan Evangelista, Santo Tomás y San Pedro. así como una espina de la corona de Cristo en la Cruz.
Fallecido el conde, su viuda Teresa rogó al rey Ramiro I de Asturias que tomase Carboeiro bajo su protección, hecho que proveyo al monasterio de especiales privilegios de la Corona y lo colocó bajo la jurisdicción directa de León durante su época de mayor prosperidad, desde el siglo X al XII, constituyéndose en abadia. Los herederos del condado, especialmente Aragonta, hija de los fundadores y esposa del rey Ordoño II de León siguieron defendiendo los derechos territoriales del monasterio sobre las tierras del Salnés.
En años posteriores se relajaron las costumbres del monasterio y, finalmente el rey Bermudo II dispersó a la comunidad y llevo al lugar a dos presbíteros. Estrarico y Tersuario, para llevar allí una vida retirada según el estilo de san Benito de Nursia y la reforma de Benito de Aniano. Desde ese momento el cenobio fue uno de los más influyentes de Galicia, con dominios sobre varias poblaciones e importantes abades, entre los que destaca san Fragildo. En 1209, el abad Fernando inauguró la iglesia, en estilo románico de transición al gotico.
Desde el año 1267 se tienen pocas noticias sobre Carboeiro y hacia 1500, tras la reforma de las órdenes religiosas auspiciadas por los Reyes Católicos y promulgada por los papas Inocencio VIII y Alejandro VI, San Lorenzo de Carboeiro pasó a ser priorato dependiente de la abadía San Mrtín Pinario, en Santiago de Compostela junto al antiguo priorato de San Isidro de Montes, reedificado en 1155. Carboeiro se convierte en espiritual de los habitantes del entorno.
Tras la desamortización de Mendizábal, el monasterio pasó a ser propiedad particular, tiempo en el que se perdio la techumbre y sufrio diversos expolios, que provocaron su estado ruinoso en el siglo XX. Desde 1974 se han realizado diversos trabajos de restauración, que han permitido que sea visitable desde 2006 y que se realicen diversos talleres educativos.
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